С началом Русско-Японской войны, для того, чтобы поддержать впечатление о своей религиозной терпимости, японские власти старательно оберегали русскую православную миссию в Токио, а также православных японцев от посягательств ультранационалистов. Количество полицейских, охранявших миссию производило на зевак впечатление.

Тем не менее "простые люди" почти всюду воспринимали православных японцев как русских секретных агентов. Оскорбления и избиения православных случались довольно часто. В Японии православие воспринимали не столько как "мировую" или "греческую" религию, сколько как официальную идеологию Российской империи. И это, несмотря на то, что повсюду стало широко известно обращение главы миссии отца Николая, поощрявшего свою паству молиться за победу японского оружия.