В тени Крымского моста молодь хамсы прячется от хищников. Так, свою выгоду от сооружения получили морские обитатели, о чём свидетельствуют данные экологического мониторинга. Экопрограмма по данному региону была принята ещё на уровне проектов, в частности, принимались решения и с учётом массовой миграции промысловой рыбы (кефали, ставриды, хамсы и других видов) в Азово-Черноморском бассейне.

В августе хамса собирается в большие и плотные стаи и плывёт через Керченский пролив из Азовского моря, где нагуливалась в летний период, в более тёплое Чёрное море, к местам будущей зимовки. В первую очередь мигрирует молодь, а позднее, осенью, пойдет взрослая хамса, сообщается на официальном информационном портале «Крымский мост». Мигрирующие косяки рыбы свободно проходят между опорами Крымского моста. От Тамани до Керчи – это 595 конструкций с шагом до 63 м, за исключением двух фарватерных опор: между ними 227 м.

Стаи хамсы – только одно из звеньев пищевой цепочки. За ней следуют морские и пернатые хищники, в том числе дельфины, рыба луфарь, а также чайки и бакланы. Учёные отмечают, что Крымский мост помогает малькам уйти от погони: они прячутся в тени автодорожных и железнодорожных опор и пролетных строений от преследующих их чаек и бакланов. По мнению экспертов океанографии и природоохранных исследований АзНИИРХ, следящих за состоянием ихтиофауны и млекопитающих, мост здесь выполняет своего рода защитную функцию, пусть и в локальных масштабах.