За это время, постоянно находясь на природе, он начал делать множество наблюдений, которые глубоко изменили его жизнь и мировоззрение. В частности, он был абсолютно очарован водой, которую он рассматривал как самостоятельный живой организм, назвав ее "Кровью Земли" и источником всего живого.  Он особенно сосредоточился на таких свойствах воды как ее спиралевидные формы, водовороты, быстрые течения, завихрения и ее легкой гармонии с окружающим миром. Он одержимо изучал движения и эффекты воды, продолжая формировать множество теорий, а потом принялся мастерить совершенно новаторские типы водных желобов со спиральными насечками, в основе конструкции которых лежала его собственная система гидродинамики. Согласно этой системе, можно было использовать движущийся внутрь и закручивающийся водный вихрь для мощности и тяги, что стало началом его революционно новой идеи для нового типа двигателя, который полагался на имплозию (взрыв, направленный вовнутрь), а не на обычные взрывы.  Шаубергер был полностью самоучкой, он никогда не посещал какие-либо университетские курсы, но вскоре он получил международное признание благодаря некоторым из его идей, патентов и изобретений, а также разногласиям. Он критически относился ко многим изобретениям, доступным в его эпоху, считая, что они работают против законов природы и имеют разрушительный характер.  Вместо этого он принимал идею о том, что человечество и природа могут жить вместе, используя альтернативные источники энергии, такие как использование природных процессов, и жить в гармонии с ними. Его девизом были слова "Kapieren und kopieren" ("Постигать и копировать природу"). Шаубергер считал, что многие изобретения человечества противоречили природе, и позже он заявлял, что даже пропеллер является несовершенным изобретением: "Как лучше всего продемонстрировала природа в случае кленового семени с крыльями, сегодняшний пропеллер представляет собой прижимной винт и, следовательно, тормозной винт, цель которого - позволить тяжелому кленовому семени медленно падать на землю, как парашют, и двигаться, уносится ветром в сторону. Ни у одной птицы нет такого вращающегося предмета на голове, ни у рыбы на хвосте. Этот тормозной винт был использован только человеком для движения вперед. Когда пропеллер вращается, сопротивление возрастает пропорционально квадрату скорости вращения. Это также признак того, что это предполагаемое движущее устройство построено неестественно и, следовательно, находится не на своем месте".

Шаубергер стремился претворить свои идеи в жизнь, придумав детально проработанную теорию, согласно которой водные вихри могут строиться друг на друге для создания все больших и больших сил, которые, в свою очередь, будут создавать силу, противоположную гравитации. По сути, Шаубергер объяснял как создать антигравитацию, которую он назвал диамагнетизмом.  Он использовал эти теории для создания таких фантастических изобретений, как турбина со взрывом воды, которая втягивала воздух, закручиваясь по спирали, достигая огромных сил. Он также придумал машину, которая создавала всасывающую силу, сравнимую с тайфуном, для управления температурой в комнате, и генератор энергии. Эти машины создавали энергию из воды и воздуха с помощью спиральных труб и форсунок.  Все это работало на принципах чистой энергии и работы с природой, по-видимому, практически не создавая загрязнения окружающей среды и будучи полностью устойчивым. Может показаться странным, что такой радикальный пропагандист зеленой энергии и работы с природой привлек внимание нацистов, которые не были особо озабочены сохранением окружающей среды. Но он в самом деле вызвал у них большой интерес и в 1934 году нацисты обратились к нему с заманчивым предложением поработать на них за хорошую зарплату. Шаубергер согласился.   Дальше больше. В 1938 году член нацистской партии Юлиус Штрейхер якобы лично приказал ему построить летательный аппарат, который мог бы использовать вихревой двигатель. Этот аппарат должен был иметь форму диска и двигаться совершено иначе, чем все современные летательные аппараты, при этом иметь возможность зависания в воздухе на одном месте (левитация), выполнять точные маневры и ускоряться на больших скоростях. 

По сути, они хотели, чтобы Шаубергер построил футуристический антигравитационный корабль, используя свои собственные природные теории, и, поскольку это были нацисты, у него не было иного выбора, кроме как в очередной раз согласиться, получая при этом непомерную сумму денег. В 1940 году Шаубергер создал первый прототип своего искусственного НЛО, который получил название "Репульсин А", и в котором использовалось трение между вихрями и окружающим воздухом, чтобы заставить воздух опускаться вниз, создавая общий подъемный и движущий эффект, более или менее производящий своего рода мини-торнадо, на энергии которого этот корабль двигался.  Однако было обнаружено, что вихревой двигатель работал нестабильно, а вентилятор внутри устройства не мог вращаться так быстро, как требовалось, потому что лопасти вытесняли слишком много воздуха. В то время не было найдено способа обойти проблему создания более интенсивной энергии вращения, и устройство сочли слишком непрактичным. 

Действительно, во время испытаний корабля, хотя он действительно мог левитировать, его было почти невозможно контролировать или двигаться вперед, обычно он быстро выходил из-под контроля или даже вылетал через крышу испытательного ангара.  По слухам, нацисты были в ярости от неспособности Шаубергера решить эти проблемы, из-за чего изобретатель на время был заключен в тюрьму. Но потом он попал под личное внимание Генриха Гиммлера, которые привлек Шаубергера к работе над другим чудом техники - новым типом бесшумной мини-подводной лодки, а потом велел продолжить работу над новой версией антигравитационного устройства под названием Vril-7. Неизвестно, насколько далеко продвинулся Шаубергер с Vril-7, поскольку конец Второй мировой войны остановил все секретные исследования нацистов (во всяком случае официальные), при этом большая часть его работы, прототипов и планов была уничтожена, чтобы они не попали в руки союзников. 

Американцы, зная насколько важен Шаубергер для немцев, арестовали его и доставили в Соединенные Штаты, интенсивно допрашивая, но так и не смогли получить от него много информации. Однако они смогли использовать все полученные сведения по максимуму. Фундаментальные принципы, которые использовал Шаубергер, позже были применены в нескольких проектах, включая Avro Canada VZ-9 Avrocar, который был самолетом вертикального взлета и посадки, разработанным в эпоху холодной войны, и другими.  Шаубергер, находясь в США, еще несколько лет пытался работать над различными гражданскими проектами вихревой технологии, такими как генераторы, системы очистки воды и устройства для очистки воздуха, прежде, чем в конечном итоге вернуться в Австрию 25 сентября 1958 года почти без гроша в кармане. Умер он совершенно внезапно, всего пять дней спустя после своего возвращения на родину, унеся все свои секреты с собой в могилу.  С тех пор о Шаубергере регулярно возникают различные теории заговора, в том числе о том, что его исследования зашли гораздо дальше, чем предполагалось, и что многие НЛО, которые были замечены  в годы Второй Мировой войны, были на самом деле экспериментальными аппаратами Шаубергера. Но все это лишь гипотезы и непроверенные слухи, наверняка никто ничего не знает. Он остается во многих отношениях персоной-призраком, истинный масштаб его работ неизвестен, а его исследования загадочны.