Утром 7 октября 1906 года грузо-пассажирский пароход «Варягин» отправился в каботажный рейс из порта Владивосток в бухту Гонькоудзы. Это был самый обычный рейс, на борту парохода находились около 250 пассажиров плюс члены экипажа. Кроме того, «Варягин» вез продукты и почту в населенные пункты, расположенные на берегу Уссурийского залива. Но, главной ценностью являлись деньги, которые следовало доставить в одну из воинских частей.

Несмотря на то, что погода была далеко не идеальной, дул холодный пронизывающий ветер, особых опасений у капитана судна Ивана Овчинникова это не вызывало, маршрут он знал очень хорошо. Владельцем парохода был состоятельный купец Алексей Варягин, в честь которого и было названо судно. Предприниматель сдавал его в аренду Товариществу пароходных предприятий Дальнего Востока.

Около десяти часов утра неожиданно раздался мощный взрыв и пароход «Варягин» за считанные минуты ушел на дно. Спастись удалось лишь немногим, в официальных источниках называется цифра 40-50 человек, в числе которых был и капитан Овчинников. А более 200 человек стали жертвами этой катастрофы, самой крупной на Дальнем Востоке.

На следующий день к месту трагедии прибыли миноносцы «Беспощадный» и «Бесстрашный», доставившие сюда следственную комиссию. Эксперты установили, что причиной взрыва стала бомба, оказавшаяся в Уссурийском заливе во время русско-японской войны 1904-1905 гг. По данным следствия, в действиях экипажа не было вины, «Варягин» погиб по трагической случайности.  Кстати, чуть раньше, в мае 1906 года, в этом районе подорвался на мине грузовой пароход «Князь Горчаков», следовавший во Владивосток из Одессы. Но тогда, к счастью, обошлось без жертв.

В прессе о трагедии парохода «Варягин» было не много сообщений, через некоторое время о ней начали забывать. Правда, сам купец Варягин отправил прошение генерал-губернатору Владивостока с просьбой компенсировать 60 000 золотых рублей, которые находились на борту. В просьбе было отказано.

Прошло семь лет, и в 1913 году бывший капитан парохода Овчинников получил разрешение у властей на организацию экспедиции по поискам затонувшего судна. Оказалось, что «Варягин» лежит на сравнительно небольшой глубине, около 25 метров. Водолазы тщательно обследовали пароход, заявив, что на его борту находятся тела погибших и сам груз. Но, поднять пароход оказалось не просто, он был затянут песком.

Было принято решение отложить на некоторое время попытку поднять затонувший пароход на поверхность. Но, планы так и остались не реализованными, уже в 1914 году началась Первая мировая война, поэтому, о проекте по поднятию «Варягина» пришлось забыть. Затем началась революция, за ней Гражданская война, никаких сообщений о дальнейших экспедициях к месту гибели «Варягина» больше не было. Как и «Титаник», российский пароход до настоящего времени находится на дне.

У некоторых исследователей даже возникают сомнения — а было ли золото на затонувшем пароходе. В качестве аргумента они приводят тот факт, что никто особо не стремился вкладывать деньги в экспедицию капитана Овчинникова. Да и те самые 60 000 рублей, которые находились на борту, могли быть не в золотых монетах, а в обычных бумажных банкнотах.

Но, есть информация о том, что на «Варягине» был еще некий ценный груз, который, по утверждению бывшего капитана Овчинникова, не потерял своей ценности даже спустя годы. Причем, именно этот груз, по утверждению Овчинникова, следовало поднять в первую очередь. Действительно ли капитан делал такое заявление, или это просто легенда, остается загадкой до настоящего времени.

С момента гибели грузо-пассажирского парохода «Варягин» прошло более ста лет. Вокруг него всегда было много слухов и легенд, но само судно, как и погибшие во время взрыва люди, находятся на дне Уссурийского залива. Возможно, пароход «Варягин» когда-нибудь и дождется своих исследователей.