Об этой неудаче Софьи стало широко известно, и бегство стрельцов, приказных чиновников и бояр из Москвы участилось. В Троице их благожелательно встречал боярин князь Б. А. Голицын — бывший дядька царя, на это время ставший главным советником Петра, и распорядителем в его ставке. Вновь прибывшим высокопоставленным сановникам и стрелецким начальникам он самолично подносил чарку и от имени царя благодарил за верную службу. Рядовым стрельцам тоже раздавали водку и наградные.

Пётр в Троице вёл образцовую жизнь Московского царя: присутствовал на всех богослужениях, оставшееся время проводил в советах с членами боярской думы и в беседах с церковными иерархами, отдыхал только в кругу семьи, носил русское платье, немцев не принимал, что разительно отличалось от образа жизни, который он вёл в Преображенском и который неодобрительно воспринимался бо́льшей частью всех слоёв русского общества — шумные и скандальные застолья и забавы, занятия с потешными, в которых он нередко выступал в роли младшего командира, а то и рядового, частые посещения Кукуя, а, в особенности, то, что царь с немцами держался, как с равными себе, в то время как даже самые знатные и сановные русские, обращаясь к нему, согласно этикету должны были называть себя его рабами и холопами.

Софья, между тем, одного за другим теряла своих сторонников: в начале сентября в Троицу ушла во главе с генералом П. Гордоном наёмная иноземная пехота — наиболее боеспособная часть русского войска. Там она присягнула царю, лично вышедшему навстречу. Высший сановник правительства Софьи, «царственные большие печати и государственных великих посольских дел оберегатель», князь В. В. Голицын уехал в своё подмосковное имение Медведково, и устранился от политической борьбы. Активно поддерживал правительницу только начальник стрелецкого приказа Ф. Л. Шакловитый, всеми средствами старавшийся удержать стрельцов в Москве.

От царя пришёл новый указ — схватить (арестовать) Шакловитого и доставить в Троицу в железах (в цепях) для розыска(следствия) по делу о покушении на царя, а все, кто поддержит Шакловитого разделят его судьбу. Остававшиеся в Москве стрельцы потребовали от Софьи выдачи Шакловитого. Она сначала отказывалась, но была вынуждена уступить. Шакловитый был отвезён в Троицу, под пыткой дал признание и был обезглавлен. Одним из последних явился в Троицу князь В. В. Голицын, где он не был допущен к царю, и сослан с семьёй в Пинегу, в Архангельский край.

У правительницы не осталось людей, готовых рискнуть головой ради её интересов, и когда Пётр потребовал, чтобы Софья удалилась в Новодевичий монастырь, ей пришлось подчиниться. В монастыре она содержалась под стражей.

Во время стрелецкого восстания 1698 года стрельцы, по данным следствия, намеревались позвать её на царство. После подавления бунта Софья пострижена в монахини под именем Сусанны.

Умерла в 1704. Похоронена в Смоленском соборе Новодевичьего монастыря в Москве. В старообрядческом скиту Шарпан находится захоронение схимницы Прасковьи («царицына могила») в окружении 12-ти безымянных могил. Староверы считают эту Прасковью царевной Софьей, якобы бежавшей из Новодевичьего монастыря с 12-ю стрельцами.